蛋白組學服務iTRAQ的4種同位素標記試劑由４種相對分子質量分別為114、115、116和117的報告基團(reportergroup)，相對分子質量分別為31、30、29和28的質量平衡基團(balancegroup)以及一個相同的肽反應標記試劑基團(peptidereactivegroup)組成。不同的報告基團分別與相應的平衡基團相配后，相對分子質量均為145，即等量異位標簽(isobarictag)。

　　將蛋白質裂解為肽段，然后用iTRAQ試劑進行差異標記。由于iTRAQ試劑是等量的，即不同同位素在標記同一多肽后在*級質譜檢測，分子量相同，用串聯質譜方法對在*級質譜檢測到前體離子(precursorion)進行碰撞誘導解離，產物離子通過第二級質譜進行分析。在二級質譜分析過程中，報告基團、質量平衡基團和多肽反應基團之間的鍵斷裂，質量平衡基團丟失，產生低質荷比(m/z)的報告離子。由于二級質譜可分析相對分子質量相差1的報告基團，不同報告基團離子強度的差異就代表了它所標記的多肽的相對豐度。同時，多肽內的酰胺鍵斷裂，形成一系列b離子和y離子，得到離子片段的質量數，通過數據庫查詢和比較，可以鑒定出相應的蛋白質前體.

　　蛋白組學服務的技術特點：

　　1、可同時標記2~8個樣本。

　　2、iTRAQ技術不僅可發現胞漿蛋白，還有膜蛋白、核蛋白、胞外蛋白。iTRAQ技術可檢測出低豐度蛋白、強堿性蛋白、小于10KD或大于200KD的蛋白。

　　3、可標記修飾后的氨基酸，因此對磷酸化蛋白等翻譯后修飾蛋白進行定性定量研究。

　　4、報告離子的相對分子質量較低(113~121)，低分子量區是質譜定性(質量確定)和定量(豐度比較)較為準確的區域，因此質譜檢測更為靈敏可靠。